因大孤山部分海域属于解放军某部军事用海，为同时保障政府监管职能的发挥和军事用海的安全，新区海洋与渔业局经过与相关部门沟通后，组织召开专题协调会，形成了初步管理意见。

在征求了新区海防委（应急办）的意见后，新区海洋与渔业局拟将该海域作为保留海域，起草了保留海域的管理协议，由新区海洋与渔业局出具保留海域界址图，协议内容主要包括海域使用方的确定、管理职能如何发挥、进出海域的船只限制等。

目前，金州新区管委会已同意新区海洋与渔业局草拟的保留海域管理协议，并由新区海洋与渔业局具体组织负责协议相关签署工作。该协议的签署，将是金州新区海域管理工作一个新的起点。