2016年上半年，辽宁省审计厅审计组开展了对省海洋与渔业厅2015年度预算执行及其他财务财政收支情况的审计调查。经过审计组跟踪督促，及省海洋与渔业厅高度重视、专题部署，审计整改工作效果明显，有效发挥了审计的监督职能。
针对审计调查发现的预算执行、资产管理及海域使用金征缴等方面问题，省海洋与渔业厅召开了第十二次厅长办公会，专题研究审计整改事项，下发了《关于落实省审计厅2015年度预算执行及财政收支情况专项审计整改意见的通知》，将问题逐条分解并落实到责任单位，提出整改意见和时限要求，做到全面彻底、不走过场、不留隐患。整改期间，省海洋与渔业厅修订和制定了《辽宁省海洋与渔业厅财务管理办法》和《辽宁省水产品质量安全专项资金管理办法》、《辽宁省海洋预报减灾专项资金管理办法》、《辽宁省海洋环境监测专项资金管理办法》、《辽宁省水产种业发展等三个专项资金管理办法》、《辽宁省海洋与渔业厅执法船舶运行维护专项资金管理办法》、《辽宁省海洋与渔业执法专项资金管理办法》、《辽宁省渔业资源保护专项资金管理办法》等专项资金管理办法，并汇编成册。通过此次审计，维护了单位财务制度的完整，促进了海洋与渔业各专项资金的规范管理，保障了专项资金的使用安全和效益。